提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
如何安全愉快过寒假?北京儿童医院专家来支招******
目前,孩子们的寒假生活已经开启。如何让假期过得安全、愉快而充实呢?北京儿童医院心理治疗师徐畅表示,一个有意义的假期需要家长和孩子共同来打造。他特别给家长、孩子支上如下几招:
科学应对疫情 树立战胜病毒信心
这个寒假是疫情防控进入新阶段后的第一个寒假,科学有效应对疫情是保证孩子健康、安全的关键。徐畅表示,除了做好日常健康防护、准备好药物抗原等物资外,调整好心态,树立战胜病毒的信心也十分重要。
徐畅建议家长首先调整好自己的情绪,为孩子做好情绪示范,同时对孩子产生的负面情绪进行合理引导、比如对年龄较小的孩子可以通过拥抱、轻拍进行安抚;对年龄较大的孩子运用“腹式呼吸法”“肌肉放松法”“蝴蝶拍” 等方法帮助他们改善情绪。特别对于还“未阳”的孩子,徐畅建议家长引导孩子关注当下。“可以告诉孩子‘这一刻我仍然拥有健康,有让自己开心的时间。即使真的生病,也有家人陪伴我一起面对。’”徐畅说。
此外,家长应耐心、平和地解答孩子对于疫情的疑问。对于年龄较大的孩子,家长还可以精选一些和疫情有关的信息推荐给他们,帮助孩子正确认识病毒,坚定战疫必胜的信心。
制定寒假计划 让假期充实又精彩
寒假中,孩子有了更多自由支配的时间,但如果没有合理规划,孩子可能会出现无所事事、失去目标和动力等情况,有的甚至会出现焦虑、抑郁等心理问题。
因此,徐畅建议家长和孩子共同制定一份寒假生活学习计划,合理安排学习、休息、娱乐和体育锻炼时间。“在假期计划中应该安排家庭集体活动,比如全家一起运动、一起准备年货等,这将有助于提升家庭整体幸福感。”徐畅说,假期计划可以相对宽松,但家长要积极鼓励孩子切实执行,帮助孩子度过一个有规划的寒假。
拒绝沉迷电子产品 增进亲子沟通
假期中,很多孩子会沉迷于手机、平板电脑等电子产品。对此,徐畅表示,解决方法并非“夺走手机”那么简单,家长不妨利用假期时间多与孩子沟通交流,鼓励他们多结交朋友,共同努力让假期生活丰富多彩起来。
此外,家长与孩子在家中共处的时间增多,冲突可能也会随之增多。徐畅建议,家长与孩子发生争吵时,双方不要急于表达,可以先按下暂停键,静一静,等到情绪稳定后再态度温和地进行沟通。在沟通方式上应遵循非暴力沟通方式,先描述客观事实,再说出感受,最后说出需求和希望。对于高年级的孩子,家长可以给予他们一定的独处空间,尊重他们对独立和独处的需求。
(光明网 张倩)